Si has pensado utilizar la meta noindex y el rel canonical juntos en una misma página, te explico porque no tiene sentido. Y han de utilizarse de forma separada.

Tanto el código html del canonical/noindex se insertan dentro del de tu página web.

Canonical

El canonical se usa cuando tienes diferentes urls que muestran el mismo contenido. Ej:

http://www.bufa.es/seo-noindex-y-canonical-juntos/
http://www.bufa.es/?p=5207
http://www.bufa.es/?p=5207&preview=true

Es decir, todas esas urls muestran al usuario el mismo contenido. Pero para indicar a google cual es la url principal se usa el canonical, por ejemplo:

Noindex

El meta noindex es para bloquear la indexación de esa página a los buscadores. Por lo tanto no aparecerá luego en los resultados de google…

(*) Para gran volumen de urls es más cómodo usar el archivo robots.txt

Resumiendo:
– Si tienes urls diferentes y el contenido es 100% igual = canonical.
– Si tienes urls que no te interesa que se indexen en google = noindex