Si tenéis problemas con la posición de un video de youtube que aparece siempre por encima de cualquier otro elemento (menú, lightbox, etc…) de vuestra web, y con la propiedad z-index de css no conseguís solucionarlo podéis añadir la siguiente variable de wmode de transparencia al iframe del video.

Ejemplo de como añadir al src del iframe de youtube la variable: ?wmode=transparent